Současný kostel vznikl v letech 1700–1701. Z původního chrámu zhruba z poloviny 15. století se dochovala věž a zdi lodi.

Dnešní kostel byl postaven v letech 1700–1701. Z někdejšího chrámu, který vznikl přibližně v polovině 15. století, se zachovala věž i obvodové zdivo lodi. Na začátku 20. století byl kostel obnoven a prodloužen a jeho slavnostní konsekraci provedl olomoucký arcibiskup Fridrich dne 6. července 1902.

Dějiny farnosti jsou úzce propojeny s řádem johanitů.

Vstup je upraven pro osoby na invalidním vozíku.

Johanitská komenda v Grobnikách fungovala už od roku 1183. Zpočátku měli řeholníci k dispozici pouze konventní kapli. První zděný kostel byl vybudován kolem poloviny 15. století a z této stavby se dodnes dochovaly zdi lodi i základ věže.

Současnou podobu získal kostel na počátku 18. století z podnětu komtura v. Thuma. Tehdy byly využity zdi starší gotické svatyně.

Kolem roku 1900 prošel kostel obnovou a prodloužením směrem na východ. Slavnostní vysvěcení vykonal 6. července 1902 olomoucký arcibiskup Fridrich.

Během válečných událostí v roce 1945 byla zničena kamenná věž kostela. Po válce byl do kostela převezen vzácný zázračný obraz Matky Boží z Nastasowa, který přivezli repatrianti z Kresů Wschodnich (obec Czartoria).

Svatyně nyní prochází rozsáhlou restaurátorskou obnovou. V květnu 2025 byl oznámen návrat historické kopule na věž a v lednu 2026 bylo slavnostně osazeno nové zakončení (helm) věže, čímž se kostelu vrátila jeho dřívější podoba.